二维水质模型依托水动力，考虑水质因子的对流扩散过程、降解转化过程。根据降解转化过程分为两类：一类是只考虑水质因子的自降解过程的水质模型，在 GRMS 中为 AD（Advection and Diffusion）模块；另一类是考虑 DO、CBOD、PHY、NH4、NOX、ON、OPO4、OP 之间的复氧作用、呼吸作用、硝化作用、氨化作用、生长作用、沉降作用等的水质模型，GRMS 中为 WQ（Water Quality）模块。